С целью охраны целых сообществ создаются Особо Охраняемые Природные Территории (ООПТ).

В Московской области федеральные охраняемые природные территории представлены 1 заповедником (Приокско-Террасный), 2 национальными парками (Лосиный Остров и Завидово), 1 памятником природы и 56 заповедными лесными участками. Региональные (областные) — 156 заказниками и 77 памятниками природы. Все они занимают 4.6 % территории области. В Москве 1 федеральный национальный парк (Лосиный Остров), остальные территории — региональные (городские): 3 природных парка, 1 экологический парк, 5 природно-исторических парков, 5 заказников, 1 заповедная территория и 135 памятников природы.